Had с третьей формой глагола называет действие, которое случилось раньше другого прошедшего действия. По-русски это обычное прошедшее время, иногда со словами «уже», «до этого», «раньше».
Рассказ идёт в Past Simple; когда автору нужно отступить назад, он ставит had. The city clocks had only just gone three «Городские часы только что пробили три» — это произошло до той минуты, когда мы видим Скруджа в конторе.
В длинной фразе had помогает разобрать порядок событий: in letting Scrooge’s nephew out, had let two other people in «выпуская племянника Скруджа, впустил двух других людей» — к моменту рассказа они уже вошли.